制藥工程專業培養具有制藥工程方面的知識，能在醫藥、農藥、精細化工和生物化工等部門從事醫藥產品的合成與工藝研究、醫藥產品開發、應用研究和經營管理等方面的高素質研究應用型專門人才。制藥工程是一個化學、藥學(中藥學)和工程學交叉的工科類專業，以培養從事藥品制造，新工藝、新設備、新品種的開發、放大和設計人才為目標。
這個名稱正式出現在教育部的本科專業目錄是1998年。從學科沿革來看它的產生并不是全新的，是相近專業的延續，也是中國科學技術發展到一定時期的產物。
專業特色：制藥工程是一門工程技術科學，主要解決藥品生產過程中的工程技術問題及藥品生產質量管理規范問題，該專業在原精細化工專業基礎上，側重于化學制藥工程，探索藥物制備的基本原理以及實現工業生產的工程技術，包括新工藝、新設備、GMP改造等方面研究、開發、放大、設計、質量控制及優化等。
培養要求：該專業學生主要學習有機化學、物理化學、化工原理、藥物合成化學、制藥工藝學、藥物化學、藥理學、藥劑學、生物化學等方面的基本知識和基本理論，受到化學與化工實驗技能、工程實踐、計算機應用、科學研究與工程設計方法的基本訓練，具有從事醫藥產品的開發與生產的基本能力。
主干課程：有機化學、生物化學、物理化學、化工原理、制藥工程、藥物合成反應、藥物化學、藥理學、藥劑學、天然藥物化學、應用光譜解析、制藥工藝學、藥用高分子材料、制藥分離工程、藥物分析、制藥裝備與車間設計、藥事管理學、藥品營銷等，部分中藥制藥學科還包括藥用植物學，中藥學，方劑學，中藥化學，中藥藥劑學，中藥制劑分析，中藥藥理學。部分農藥制藥工程學科要學習植物學，農藥學。
發展前景：醫藥產業已成為世界經濟強國競爭的焦點，世界上許多國家都把建立醫藥品工業視為國家強盛的一個象征。新藥的不斷發現和治療方法(如基因研究)的巨大進步，促使醫藥工業發生了非常大的變化。因此，無論是藥品，還是過程技術都需要新型制藥工程師，這類人才掌握最新技術和交叉學科知識、具備制藥過程和產品雙向定位的知識及能力，同時了解密集的工業信息并熟悉全球和本國政策法規。正如前面已經提到的，2003年中國制藥企業共5082家，生產藥品的工業企業約3000家，生化制藥企業300余家，其中現代生物制藥企業47家;生產中藥(包括天然藥物)產品的企業約1600家，其中專門生產中藥(包括天然藥物)產品的155家。另外，還有藥品批發企業16.7萬多家，藥品零售企業12萬家，醫療機構6萬家。這些企業都對制藥工程專業人才有較大的需求量。
就業方向：制藥工程專業畢業后可到制藥工程(或醫藥生物技術)領域相關的生產企業、營銷企業、科研院所、藥品監督管理部門等企、事業單位從事藥品生產、管理、營銷、檢驗監督和研發等工作。也適于報考生物技術、藥學及相關專業的研究生。