1、殺蟲
對桑螵蛸、露蜂房等動物藥保存前要蒸熟，避免蟲卵孵化；同時可用化學藥物熏殺害蟲，通常保存少量的藥材時可將硫磺點燃生成二氧化硫熏蒸，保存大量的藥材時可噴灑氯化苦熏蒸。
2、分類
根據藥材特點分類保管，如刺猬皮、瓜萎等肉質、甜香的藥材易生蟲，應放在熏庫;遠志、半夏等易霉變，應注意通風、日曬。另外，劇毒藥材更應貼上醒目的標簽，專人保管，防止誤用中毒。
3、密封
種子類藥材（白扁豆、麥芽、薏苡仁等），密封保存可防止老鼠撕咬；容易風化（芒硝等）和揮發（冰片等）的藥材，密閉保存可避免有效成分丟失。密封時，將藥品放在干凈的玻璃瓶中后，蓋嚴瓶蓋，用蠟轉圈滴在瓶口處封嚴就行了。另外，陶瓷罐、真空袋也是不錯的密封容器。
4、避光
像花葉類那種在光照時容易起變化的藥材，應貯藏在暗處及陶瓷容器、有色玻璃瓶中，避免陽光直接照射。
5、合藏
將花椒與有腥味的動物類藥材（鹿茸、地龍等）一起存放，可防止動物類藥材蟲蛀變質；將澤瀉與丹皮放在一處，澤瀉不易蟲蛀，丹皮不易變質。
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