重慶市醫(yī)藥科技學校前身系成立于1964年由中國醫(yī)藥工業(yè)公司(托拉斯)主管的"重慶醫(yī)藥工業(yè)半工半讀中等專業(yè)學校"，"文化大革命"期間停辦。1979年經(jīng)四川省重慶市革命委員會(市革發(fā)[1979]28號文)批準恢復辦學，定名為"重慶市醫(yī)藥技工學校"。1985年2月經(jīng)重慶市人民政府(重府函[1985]21號文)批準，在重慶市醫(yī)藥技工學校的基礎上，設立成人中專學校，定名為"重慶制藥職工中等專業(yè)學校"。2000年1月經(jīng)重慶市教育委員會(渝教函[2000]11號文)批準更名為"重慶市醫(yī)藥科技學校"，專門從事醫(yī)藥專業(yè)大、中專學歷教育及醫(yī)藥專業(yè)技術培訓。同年，學校劃歸重慶市食品藥品監(jiān)督管理局管理，2006年4月經(jīng)重慶市機構編制委員會批準(渝編[2006]22號文)納入市屬事業(yè)單位管理，并加掛重慶市食品藥品監(jiān)督管理局教育培訓中心的牌子，為重慶市食品藥品監(jiān)督管理局直屬的處級事業(yè)單位，核定事業(yè)編制29名，經(jīng)費渠道為財政全額撥款。
重慶市醫(yī)藥科技學校暨重慶市食品藥品監(jiān)督管理局教育培訓中心是經(jīng)重慶市人民政府批準成立，由重慶市食品藥品監(jiān)督管理局主管，專門從事食品醫(yī)藥專業(yè)職業(yè)教育培訓的資深學校，擔負著為食品醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)培養(yǎng)中、高級技能人才、組織全市食品藥品監(jiān)督管理系統(tǒng)干部培訓和食品醫(yī)藥專業(yè)技術培訓的重任。
改革開放以來，學校在上級部門的關懷下，辦學規(guī)模、辦學條件、教學層次和教學形式等方面均得到了長足發(fā)展，以重慶市醫(yī)藥科技學校為主體，先后成立了"重慶廣播電視大學食品醫(yī)藥學院"、"沈陽藥科大學繼續(xù)教育學院重慶函授教學點"。從單一的技工教育，到技工、中專、大專、本科學歷教育全面發(fā)展;從單純的學歷教育，到學歷教育、干部培訓、社會培訓工作全面開展;從簡單的傳統(tǒng)教學方式，到多媒體教學、遠程教學手段的運用，學校已經(jīng)成為重慶市食品醫(yī)藥專業(yè)職業(yè)教育的重要力量、重慶市食品藥品監(jiān)管系統(tǒng)干部培訓和食品藥品從業(yè)人員培訓的主要機構。建校近50年來，為重慶市內(nèi)外培養(yǎng)輸送了2萬余名大專、中專和技校畢業(yè)生，另有5萬余人參加了學校組織的干部培訓和專業(yè)技術培訓學習。
學校堅持依法辦學，以德治校的辦學思想，提倡"德育為首，成人為先"的育人理念，注重培養(yǎng)學生"學會做人、學會做事、學會相處、學會求知"的適應社會、發(fā)展自我的能力。積極進行教育改革探索，努力尋求適應新時期職業(yè)教育和干部培訓的科學方法。
學校堅持"以就業(yè)為導向、以能力為本位"的素質(zhì)教育理念，既重視學生素質(zhì)的全面提高，又注重學生個性特長的發(fā)展;堅持專業(yè)知識學習與實用技能培訓相結合，利用學校的圖書室、微機室、多媒體教室、實驗室、實訓室及合作企業(yè)的生產(chǎn)、經(jīng)營場地，全方位、多渠道滿足學生專業(yè)技能學習、訓練的需求，畢業(yè)生就業(yè)率達100%，深受用人單位和社會各界的好評。