云南中醫學院成立于1960年，是全國第二批成立的高等中醫藥本科院校，
1986年獲碩士學位授予權，2007年獲教育部本科教學工作水平評估“優秀”，2013年、2015年中醫學、中藥學專業分別通過教育部認證，2021年成為云南省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校，2021年通過教育部本科教學審核評估，2021年成為博士學位授予單位，更名云南中醫藥大學經教育部公示結束。學校秉承“崇德和合，博學敦行”的校訓精神，已發展成為以中醫藥為主體、民族醫藥為特色，以本科教育為基礎，研究生教育規模不斷擴大，對外教育呈良好態勢，醫、理、工、管多學科協調發展的綜合性中醫藥院校。
云南中醫學院有呈貢、白塔、宜良三個校區，占地面積990余畝。有紙質圖書資源93.96萬冊，紙質期刊384種，館藏線裝古籍圖書1.8萬冊，電子資源總量61.78TB，擁有中、外文數據庫53個，電子圖書145萬冊。
截止2021年7月，有全日制學生10859人，其中，本科生9695人，碩士研究生1164人，留學生213人。有11個二級學院、1個公共課教學部;17個國家中醫藥管理局重點學科、14個省級重點學科，新增1個中醫學一級學科博士學位授權點，有4個一級學科(涵蓋24個二級學科)碩士點，4個專業碩士學位點;有26個本科專業，其中，國家級特色專業2個、綜合改革試點專業1個，省級重點、特色專業各5個、綜合改革試點專業3個;省級及以上教學質量工程項目近200項。
云南中醫學院校本部有教職工687，人,學歷、學緣、職稱結構合理。有博士研究生導師17人，享受國務院政府特殊津貼專家5人，首屆全國名中醫1人，國家衛計委突出貢獻中青年專家1人，全國中醫藥高校教學名師1人;云嶺名醫3人，云嶺學者、云嶺名師、云嶺產業技術領軍人才各1人;云南省突出貢獻優秀專業技術人才7人、教學名師9人;云南省國醫名師4人、名中醫36人、榮譽名中醫33人;享受云南省政府特殊津貼專家9人，云南省中青年學術和技術帶頭人10人、后備人才2人;技術創新人才2人;首批云南省中醫藥領軍人才3人、中醫藥高層次人才及培養對象2人。聘請國醫大師張震、中國工程院院士黃璐琦等420余名國內外知名教授和專家擔任碩士生導師、名譽校長、客座教授、名譽教授。
58年來，幾代名醫名家傾囊相授，潛心育人，培養了6萬余名中醫藥專門人才，有的植根云嶺，造福桑梓，有的遠涉重洋，光大中醫，涌現出國家科技進步一等獎、何梁何利獎獲得者朱兆云;旅法中醫專家、時空針灸創始人、法國榮譽軍團騎士勛章獲得者朱勉生;軍中國醫名師寧亞功;中國中醫科學院首席研究員、廣安門醫院院長王階;全國民族團結進步先進個人陳本善;中國人民大學教授、教育部高校思想政治理論課教師、2014年度影響力標兵人物王向明等一大批享譽國內外的杰出校友。
云南中醫學院建有世界唯一的中醫西學博物館;2021年7月，國家漢辦批準為“孔子學院總部國際(西學)中醫文化推廣研究基地”。建有的云南省中醫藥民族醫藥博物館，是國家中醫藥文化宣傳教育基地、云南省科普教育基地;學校是云南省中醫藥國際教育基地、國際科技合作基地、云南省民族醫藥保護與產業發展研究基地，是國家教育信息化試點單位;2021年《云南中醫學院學報》入選中國科技核心期刊。2021年成為國家中醫藥臨床研究基地。有省級重點實驗室、工程技術研究中心、中醫藥臨床評價研究中心，工程實驗室、公共科技服務平臺各1個，省級創新團隊2個，有國家中醫藥管理局中醫藥科研三級實驗室2個，院士專家工作站9個，院士工作站站點1個，省級2011協同創新中心2個，省級中醫臨床研究基地1個，省哲學社會科學研究基地1個，省技術轉移示范機構1個，省高校重點實驗室和工程中心8個，省高?？萍紕撔聢F隊5個;實踐教學基地140個，其中，直屬附屬醫院2所，非直屬附屬醫院14所，藥學類合作基地49個。
云南中醫學院聚焦民族醫藥、滇南醫藥、南藥研究三大科研集群，推進校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妝品第三方檢測、臨床評價研究、健康產品研發、中醫藥知識產權戰略運營中心”四大平臺，彌補云南生物醫藥和大健康產業科研平臺短板。與省藥監局共建云南省中醫藥產業發展研究院、與省科技廳共同設立“中醫藥聯合專項基金”，是云南省中醫藥政策研究中心，中國中醫科學院中醫藥數據中心云南分中心、云南省中醫藥數據中心。與云南能源投資集團實施全面戰略合作，與宜良縣人民政府合作開發建設云南中醫康養特色小鎮，與云南呦陽生物科技公司共建“云南道地中藥材種苗繁育基地”，與上海中醫藥大學和昭通、普洱、麗江等地方政府簽訂戰略合作協議。
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云南中醫學院近5年來，承擔各級各類科研項目1000余項，其中，國家級近100項，省部級300余項。獲省部級以上科研獎30項。杰出校友、特聘教授、碩士生導師朱兆云領銜，學校趙毅、韋群輝兩位教授參與的“低緯高原地區天然藥物資源野外調查與研究開發”重大項目，系統摸清了低緯高原地區天然藥物資源現狀，獲2012年度國家科學技術進步獎一等獎;彭江云領銜的“溫陽通絡法治療類風濕關節炎的研究及臨床應用”項目獲2014年度云南省科技進步獎一等獎;葉建州領銜的“云南名老中醫治療皮膚病學術思想及應用示范”項目獲2021年度云南省科技進步獎一等獎。
近年來，畢業生年終就業率均高于97.5%，學生在全國、全省各類學科競賽、專業技能競賽中獲國家級獎項46項，省級獎項109項。2013年開始實施的“本科畢業生德育答辯制度”思想政治教育探索實踐，獲第三屆云南省宣傳思想文化工作創新獎?！白x經典、學經典、用經典”活動已經成為書香云中、健康云中建設的品牌。
云南中醫學院早在1990年就代表中國與西班牙合作辦學，建立了“加泰羅尼亞-云南中醫學院”，被載入全國中醫藥高等教育60年史冊;從2007年發起并主辦八屆“大湄公河次區域傳統醫藥交流會”，2015年在老撾開設“中醫教育培訓中心”，2021年成立“瀾滄江—湄公河傳統醫藥學院”，2021年舉辦首屆瀾滄江—湄公河傳統醫藥學術交流暨首屆國際佤醫藥發展交流會。2021年建立“中國-緬甸中醫藥中心”，2021年承辦首屆國際哈尼醫藥發展交流會。在中醫西學研究方面獨樹一幟，已連續舉辦五屆中醫西學國際論壇，為“中華文化走出去”提供了有益的借鑒。先后與美國、澳大利亞、法國、德國、加拿大、瑞士、韓國、泰國、越南、印尼及港臺等30多個國家或地區建立了交流合作關系。學校已成為面向南亞、東南亞區域最有影響力的國際傳統醫藥教育交流合作平臺。
欣逢盛世，中醫藥迎來了天時、地利、人和的大好發展時機，中醫藥上升為國家戰略，生物醫藥和大健康產業成為云南省八大重點推進產業之首，國家批準設立中國昆明大健康產業示范區、建設國家植物博物館。學校將謀勢而動，乘勢而為，主動融入“一帶一路”、健康中國等國家戰略，圍繞云南三大戰略定位，圍繞云南打造“綠色能源”“綠色食品”“健康生活目的地”“三張牌，為云南經濟社會發展服務，推進特色鮮明高水平中醫藥大學建設。