牡丹江重點高中有海林市高級中學、穆棱市第一中學、牡丹江市第二高級中學、柴河林業(yè)局第一中學、牡丹江市朝鮮族中學、黑龍江省海林林業(yè)局第一中學等。
穆棱市第一中學
穆棱市第一中學始建于1949年，原名松江省立第十初級中學。1956年更名為穆棱縣中學，1984年由完全中學發(fā)展為市級重點獨立高中。1995年設立縣級市后定名為：穆棱市第一中學。穆棱市第一中學是一所全日制公辦獨立高中，是黑龍江省省級示范高中。
牡丹江市第二高級中學
牡丹江市第二高級中學1952年建校，1962年成為市重點中學，1993年成為黑龍江省重點中學，2000年成為黑龍江省首批示范性普通高中。學校占地面積近5萬平方米，教學樓面積2萬8千多平方米，擁有先進的理化生實驗室、多媒體教室、語音室、計算機中心等教學設施。
牡丹江市朝鮮族中學
牡丹江市朝鮮族中學始健于1945年9月，是黑龍江省省朝鮮族中學中建校最早，規(guī)模最大的民族中學。1956年被確立為省級重點中學（全省唯一的民族中學）。1986年重新被黑龍江省教育廳命名為省級重點中學，是省級重點中學中唯一的一所申報省級示范性高中的民族中學。1992年以優(yōu)異的成績通過省重點中學等級檢查驗收，并升格為正處（縣）級單位。