北京交通大學和西南交通大學——鐵路交通
是交通大學的三個源頭之一，從北京交通大學建校的那一天起就有交通學院的院系，北京交通大學的交通運輸類主攻鐵路交通，是教育部，中國鐵路公司，北京市政府共建單位，擁有交通運輸國家級教學示范中心、“城市交通復雜系統(tǒng)理論與技術”教育部重點實驗室。
西南交通大學是交通大學的三個源頭之一，交通運輸與物流學院立足軌道交通，面向綜合運輸，服務經濟建設為目標開展研究，其中交通運輸、交通工程為國家級特色專業(yè)。
同濟大學——陸上綜合交通運輸研究
同濟大學交通運輸工程學院獲得全國第一個道路與鐵道工程博士點授予權，培養(yǎng)了國內公路專業(yè)第一位博士;設立了我國道路工程領域唯一的博士后流動站;建成了我國第一個交通工程研究室，第一個道路與交通工程領域教育部重點實驗室，在人才培養(yǎng)和科學研究沿著重全息化和大數(shù)據(jù)方向。
東南大學——海陸綜合運輸領域
東南大學研究覆蓋在公路交通，民航機場，水運港口，城市交通等綜合領域，承載者國家多項重點科研項目，形成了以交通運輸工程國家一級重點學科為核心，以交通運輸規(guī)劃與管理、道路與鐵道工程2個國家二級重點學科為龍頭，以交通信息工程及控制、載運工具運用工程國家重點學科建設點。
長安大學——公路交通研究
長安大學的公路建設科學與技術學科群列入國家“211工程”重點建設行列，高速公路筑養(yǎng)科學與技術學科群列入國家“985工程優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺”重點建設行列。交通運輸工程一級學科和道路與鐵道工程學科、交通運輸規(guī)劃與管理兩個二級學科是國家級重點學科。
大連海事大學——航運和水路交通運輸
交通運輸部所屬的全國重點大學，是中國著名的高等航海學府，是被國際海事組織認定的世界上少數(shù)幾所“享有國際盛譽”的海事院校之一，擁有交通運輸規(guī)劃與管理博士后流動站、管理科學與工程博士后流動站，管理科學與工程(一級學科)、交通運輸規(guī)劃與管理(二級學科)、物流工程與管理(二級學科)等3個博士學位授權點。