內(nèi)蒙古醫(yī)科大學本科專業(yè)有64個：醫(yī)學影像學、醫(yī)學檢驗、口腔醫(yī)學、中醫(yī)學、針灸推拿學、蒙醫(yī)學、法醫(yī)學、藥學、臨床醫(yī)學、護理學、麻醉學、中藥學、預(yù)防醫(yī)學、藥物制劑、應(yīng)用化工技術(shù)、化學制藥技術(shù)、數(shù)控技術(shù)、生物技術(shù)、蒙藥學、煤炭深加工與利用、信息管理與信息系統(tǒng)、臨床醫(yī)學與醫(yī)學技術(shù)、應(yīng)用心理學、煤質(zhì)分析技術(shù)、石油化工生產(chǎn)技術(shù)、公共事業(yè)管理、護理學類（中外合作辦學）、化工設(shè)備維修技術(shù)、電力系統(tǒng)自動化技術(shù)、護理學（蒙授理科）、電氣自動化技術(shù)、婦幼保健醫(yī)學、心理學類(中外合作辦學)、市場營銷、熱能動力設(shè)備與應(yīng)用、計算機應(yīng)用技術(shù)、會計電算化、高分子材料應(yīng)用技術(shù)、衛(wèi)生檢驗、會計與審計、環(huán)境監(jiān)測與評價、食品營養(yǎng)與檢測、材料工程技術(shù)、物流管理、計算機控制技術(shù)、工業(yè)分析與檢驗、食品加工技術(shù)、旅游管理、臨床藥學、計算機網(wǎng)絡(luò)技術(shù)、電子商務(wù)、英語、建筑裝飾材料及檢測、生產(chǎn)過程自動化技術(shù)、勞動與社會保障、中藥資源與開發(fā)、廣告設(shè)計與制作、電子信息工程技術(shù)、制藥工程、精細化學品生產(chǎn)技術(shù)、工商管理類(中外合作辦學)、機電一體化技術(shù)、建筑裝飾工程技術(shù)、藥學類(中外合作辦學)。
內(nèi)蒙古醫(yī)科大學專科專業(yè)有5個：蒙醫(yī)學、臨床醫(yī)學、醫(yī)學檢驗技術(shù)、藥物制劑技術(shù)、眼視光技術(shù)。
內(nèi)蒙古醫(yī)科大學其他專業(yè)有3個：生物科學類（中外合作辦學）、藥學類（中外合作辦學）、工商管理類（中外合作辦學）。