南京醫(yī)科大學比較好的專業(yè)有公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、內科學（心血管病）、勞動衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學、藥理學、病理學與病理生理學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、臨床醫(yī)學、護理學、口腔醫(yī)學、藥學等。
“雙一流”學科：公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學
南京醫(yī)科大學國家重點學科名單
| 序號 | 學科名稱 |
| 1 | 內科學（心血管?。?/td> |
| 2 | 勞動衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學 |
| 3 | 藥理學 |
南京醫(yī)科大學國家重點（培育）學科名單
| 序號 | 學科名稱 |
| 1 | 病理學與病理生理學 |
江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點
| 序號 | 一級學科名稱 |
| 1 | 基礎醫(yī)學 |
| 2 | 公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學 |
江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程三期項目：公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、護理學、口腔醫(yī)學、藥學
“十三五”期間江蘇省一級學科重點學科
| 序號 | 學科名稱 | 學科帶頭人 |
| 1 | 藥學 | 季勇 |
| 2 | 護理學 | 崔焱 |
“十三五”期間江蘇省一級學科重點培育學科
| 序號 | 學科名稱 |
| 1 | 生物學 |
| 2 | 生物醫(yī)學工程 |
| 3 | 公共管理 |
十二五”期間江蘇省重點學科
| 序號 | 學科名稱 |
| 1 | 藥學 |
| 2 | 護理學 |
| 3 | 特種醫(yī)學 |
| “十三五”南京醫(yī)科大學校級重點學科（優(yōu)選學科）名單 | ||
| 序號 | 學科名稱 | 所在單位 |
| 1 | 神經病學 | 附屬南京醫(yī)院 |
| 2 | 精神病與精神衛(wèi)生學 | 附屬腦科醫(yī)院 |
| 3 | 婦產科學 | 附屬婦產醫(yī)院 |
| 4 | 腫瘤學 | 附屬腫瘤醫(yī)院 |
| 5 | 眼視光學 | 附屬眼科醫(yī)院 |
| 6 | 健康政策與管理 | 醫(yī)政學院 |
| 7 | 思想政治教育 | 馬克思主義學院 |
| “十三五”南京醫(yī)科大學校級重點學科名單 | ||
| 序號 | 學科名稱 | 所在單位 |
| 1 | 健康政策與管理 | 醫(yī)政學院 |
| 2 | 思想政治教育 | 馬克思主義學院 |
| 3 | 外國語言學及應用語言學 | 外國語學院 |
| 4 | 中醫(yī)內科學 | 第一附屬醫(yī)院 |
| 5 | 特種醫(yī)學 | 第一附屬醫(yī)院 |
| 6 | 兒科學 | 第二附屬醫(yī)院 |
| 7 | 內科學（腎臟?。?/td> | 附屬逸夫醫(yī)院 |
| 8 | 神經病學 | 附屬南京醫(yī)院 |
| 9 | 精神病與精神衛(wèi)生學 | 附屬腦科醫(yī)院 |
| 10 | 兒科學（新生兒） | 附屬兒童醫(yī)院 |
| 11 | 婦產科學 | 附屬婦產醫(yī)院 |
| 12 | 腫瘤學 | 附屬腫瘤醫(yī)院 |
| 13 | 眼視光學 | 附屬眼科醫(yī)院 |
| 14 | 外科學（整形外科） | 附屬友誼整形外科醫(yī)院 |
| 15 | 外科學（泌尿外科） | 附屬明基醫(yī)院 |
| 16 | 內科學（心血管?。?/td> | 附屬江寧醫(yī)院 |
| 17 | 外科學（神經外科） | 附屬無錫人民醫(yī)院 |
| 18 | 外科學（泌尿外科） | 附屬無錫第二醫(yī)院 |
| 19 | 婦產科學 | 附屬無錫婦幼保健院 |
| 20 | 康復醫(yī)學與理療學 | 附屬無錫精神衛(wèi)生中心 |
| 21 | 外科學（普外科） | 附屬江蘇盛澤醫(yī)院 |
| 22 | 內科學（呼吸病學） | 附屬常州二院 |
| 23 | 婦產科學 | 附屬常州婦幼保健院 |
| 24 | 婦產科學 | 附屬蘇州醫(yī)院 |
| 25 | 外科學（神經外科） | 附屬淮安第一醫(yī)院 |
| 26 | 兒科學 | 杭州市第一人民醫(yī)院 |
| 27 | 急診醫(yī)學 | 上海松江臨床醫(yī)學院 |
| 學制 專業(yè) |
| 五年制預防醫(yī)學 |
| 五年制醫(yī)學影像學 |
| 五年制眼視光醫(yī)學 |
| 五年制臨床醫(yī)學（兒科學） |
| 五年制臨床醫(yī)學 |
| 五年制臨床藥學 |
| 五年制口腔醫(yī)學 |
| 五年制精神醫(yī)學 |
| 五年制基礎醫(yī)學 |
| 五年制法醫(yī)學 |
| 四年制應用統計學（生物統計學） |
| 四年制英語 |
| 四年制醫(yī)學影像技術 |
| 四年制醫(yī)學信息工程 |
| 四年制醫(yī)學檢驗技術 |
| 四年制藥學 |
| 四年制眼視光學 |
| 四年制衛(wèi)生檢驗與檢疫 |
| 四年制生物醫(yī)學工程 |
| 四年制生物信息學 |
| 四年制康復治療學 |
| 四年制護理學 |
| 四年制公共管理類專業(yè) |
| 臨床醫(yī)學（兒科學）（5+3醫(yī)） |
| 口腔醫(yī)學（5＋3醫(yī)） |
南京醫(yī)科大學（Nanjing Medical University）是首批教育部、國家衛(wèi)生和計劃生育委員會、江蘇省共建高校和江蘇高水平大學建設高校，是教育部“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”試點高校、國家建設高水平大學公派研究生項目實施高校、國家“特色重點學科項目”建設高校、中國政府獎學金來華留學生接收院校、江蘇省高層次人才培養(yǎng)計劃“333工程”培訓基地，長三角醫(yī)學教育聯盟創(chuàng)始成員。
學校創(chuàng)建于1934年，時名江蘇省立醫(yī)政學院。1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學院。1962年，被列為全國首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學。2015年9月，獲準成為首批教育部、國家衛(wèi)生計生委與省政府共建醫(yī)學院校。