校企合作的畢業證與普通專業的畢業證是一樣的。但前提是同屬本科批次，才有可比性。因為校企合作畢業證和普通的畢業證都是在校期間修完學業的證明（學生都是按照正常高考，正常批次錄取的），唯一的區別在于培養方式。
校企合作和普通專業的不同
區別一：課程設置不同
普通專業的學生和校企合作專業的學生，最大的區別就是課程設置上不同。普通本科專業的學生，四年里有三年的時間在學習，最后一年用來找工作，期間很少有外來文化灌輸。而校企合作的專業，大多是“3+1”模式，也就是在校學三年，最后一年在企業里實習；也有的是“2.5+1.5”模式，在校學習兩年半，在企業里實習一年半。
區別二：培養方式不同
從培養方式上來看，校企合作的學生，額外享受到一份來自企業的培訓。因為校企合作對校方和企業方來講，是一種雙贏的培養方式。企業會培養一批符合本企業發展的人才，而學校也解決了學生的就業問題。普通專業和校企合作對比的話，在未來的就業方向以及平時上課的老師上不同。
區別三：就業路徑不同
校企合作專業的學生在找工作的時候，要比普通專業的學生多一條選擇。普通專業學生找工作的時候，要么參加校園招聘會，要么在社會上找工作。而校企合作的學生，在這些基礎上又多了一條，那就是可以優先選擇接受培養的企業。企業和學生是雙向選擇模式，因此學生不用擔心不夠自由。
區別四：學費不同
校企合作的學生在某些方面比普通專業的學生更有優勢，因此在學費的問題上也會更貴一些。一般普通專業的學費是5000左右，而校企合作的專業要達到8000，甚至幾萬。因為高昂的學費里包含企業的服務費，也就是企業專門派人來給學生授課的費用等等。在這里要注意的是所有的收費通過校方來收，企業無權自行收取。
校企合作和普通專業可以轉專業嗎
普通專業和校企合作專業之間不能進行調劑，因為普通專業的招錄是一個代碼，校企合作這種高學費的招生計劃會單獨放在另一個代碼之下，因此這種不同代碼之間是不能完成調劑的。雖然他們不能進行調劑，但是能夠進行轉專業。當然轉的專業也必須是本類型的專業，像校企合作的專業，不能轉到普通專業上。