優(yōu)選答案按綜合排名來看，北大醫(yī)學(xué)院全國第二，復(fù)旦醫(yī)學(xué)院（下用上醫(yī)代替）第三，交大醫(yī)學(xué)院（下用上二醫(yī)代替）第四?？既‰y度來看，在全國范圍也是北醫(yī)最難，其次上醫(yī)，再次上二醫(yī)。
上二醫(yī)雖然是交大的醫(yī)學(xué)院，但05年并校時上二醫(yī)領(lǐng)導(dǎo)要求與交大分開招生，財務(wù)、人事獨立，類似北醫(yī)。而上醫(yī)作為復(fù)旦醫(yī)學(xué)院，并入復(fù)旦共同招生，因此最低分數(shù)線即為復(fù)旦大學(xué)分數(shù)線。因此在除上海外的全國其他地區(qū)，上醫(yī)分數(shù)線高于北醫(yī)，上二醫(yī)最低。在上海為上醫(yī)較高，其次上二醫(yī)，北醫(yī)在上海不招生。
三個醫(yī)學(xué)院都位列全國最頂尖的四大醫(yī)學(xué)院（武書連榜A++級），教學(xué)質(zhì)量孰優(yōu)孰劣不好妄言，不過各有側(cè)重。在臨床醫(yī)學(xué)方面，北醫(yī)最好（全國第二），上二醫(yī)其次，上醫(yī)再次。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)方面，上醫(yī)最好（全國第一），北醫(yī)其次，上二醫(yī)再次。預(yù)防醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)、營養(yǎng)學(xué)之類科目太小，暫且不提。護理學(xué)方面無法比較，北醫(yī)和上醫(yī)兼有一本高護和專科護理，上二醫(yī)只有一本高護。
在發(fā)展趨勢上，隨著全國醫(yī)學(xué)院并校逐漸完成，徹底被吞吃的醫(yī)學(xué)院（比如上醫(yī)、湘雅等）失去了獨立的財務(wù)和人事權(quán)，其發(fā)展趨勢將隨其母校發(fā)展而定，而在國內(nèi)大學(xué)的發(fā)展趨勢上，無疑理工科學(xué)校暫時是發(fā)展最為迅猛的。關(guān)于上醫(yī)的諸多傳聞由于尚待證實，這里我就不提了。對于獨立性比較強的醫(yī)學(xué)院（如上二醫(yī)、北醫(yī)），其發(fā)展趨勢將綜合母校與自身的情況。鑒于近10年里上交極為迅猛的發(fā)展速度及上交對上二醫(yī)的重視程度（連續(xù)3年開學(xué)典禮新生代表發(fā)言者都來自醫(yī)學(xué)院），上二醫(yī)的前景看好。
其實說了這么多，提問者為什么不選擇協(xié)和？也就是清華的醫(yī)學(xué)院，那絕對是中國醫(yī)科的王者，當(dāng)然，考取難度也是最高的。