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據(jù)2016年3月學校官網(wǎng)信息顯示，學校下設(shè)物質(zhì)科學與技術(shù)學院、生命科學與技術(shù)學院、信息科學與技術(shù)學院和創(chuàng)業(yè)與管理學院4個學院，以及免疫化學研究所和iHuman研究所2個研究所。各學院和研究所的研究領(lǐng)域和方向為：
● 物質(zhì)科學與技術(shù)學院
1、新材料的發(fā)現(xiàn)、設(shè)計與合成
2、材料物理與凝聚態(tài)物理
3、光譜儀器科學
4、材料系統(tǒng)工程
●生命科學與技術(shù)學院
1、蛋白質(zhì)科學與生物技術(shù)
2、系統(tǒng)生物學與轉(zhuǎn)化醫(yī)學
3、干細胞生物學與再生醫(yī)學
4、定量生物學與分子影像學
5、化學生物學與創(chuàng)新藥物
●信息科學與技術(shù)學院
1、電子科學與技術(shù)
傳感器技術(shù)、低能耗與智能系統(tǒng)研究、光電技術(shù)、集成電路與設(shè)計、電子器件與材料
2、計算科學與技術(shù)
計算機視覺、智能算法、信息安全、機器學習
3、信息與通信工程
無線通信技術(shù)、信號與信息處理、信息理論與編碼、跨學科研究
●創(chuàng)業(yè)與管理學院
立足中國發(fā)展實踐，培養(yǎng)具有國際視野、創(chuàng)新能力、創(chuàng)業(yè)精神和社會責任的創(chuàng)業(yè)、創(chuàng)新和創(chuàng)投人才，推動組織與社會進步。
●免疫化學研究所
擁有抗體設(shè)計學、抗體化學、抗體治療學、抗體結(jié)構(gòu)學、抗體功能篩選、抗體工程學、結(jié)構(gòu)生物化學、細胞生物學和干細胞生物學等九個核心實驗室，以實現(xiàn)一個新型重要抗體從發(fā)現(xiàn)，到經(jīng)過所有必要程序，到最終轉(zhuǎn)變?yōu)樗幬锏难邪l(fā)過程。
●iHuman研究所
聚焦與人類重大疾病相關(guān)的人體細胞信號轉(zhuǎn)導中的重要科學問題，開發(fā)工具化合物和抗體，研發(fā)與人類健康密切相關(guān)的新型藥物；在信號轉(zhuǎn)導的進化和認知領(lǐng)域開展深入的研究。 據(jù)2016年3月學校官網(wǎng)信息顯示，上?？萍即髮W與中國科學院上海分院所屬各研究院所簽署了全面合作協(xié)議，學校與各研究院所的教育資源、科研設(shè)施、技術(shù)平臺等相互開放，資源共享，優(yōu)勢互補。
截至2015年12月底，學校已建立84個研究組，作為張江綜合性國家科學中心的核心依托單位，學校將與中科院上海分院等單位合作建設(shè)活細胞成像、超強超短激光、自由電子激光等一系列大科學裝置，實施一系列重大科學研究項目。
學校與中國科學院上海分院合作的設(shè)施資源有：上海同步輻射光源、上海生命科學大型儀器區(qū)域中心、上海材料與制造大型儀器區(qū)域中心、中國科學院國家科學圖書館
學校與其他機構(gòu)合作的設(shè)施資源有：國家蛋白質(zhì)科學中心（上海）、上海超級計算中心 學校公共儀器 高通量高內(nèi)涵細胞分析儀 雙光子激光共聚焦顯微鏡 質(zhì)譜儀 激光共聚焦顯微鏡 分選型流式細胞儀 熒光光譜儀 長時間動態(tài)活細胞成像及數(shù)據(jù)分析系統(tǒng) 高分辨率質(zhì)譜儀 核磁共振波譜儀-500MHz 流式細胞儀（分選） 液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀 分選型流式細胞儀 原子力顯微鏡 多標記微孔板檢測系統(tǒng) 生物分子相互作用分析儀 膜片鉗記錄分析系統(tǒng) 全自動結(jié)晶及晶體觀察分析系統(tǒng) 微生物克隆挑取系統(tǒng) 多功能激光掃描儀 分子相互作用分析儀 全自動低溫樣品存儲儀 實驗動物監(jiān)測系統(tǒng) 超高分辨率液質(zhì)聯(lián)用儀 蛋白晶體觀察成像分析系統(tǒng) 多標記微孔板檢測系統(tǒng) 激光共聚焦顯微成像系統(tǒng) 流式細胞儀（分析） 上科大按照1:10–1:12的師生比建設(shè)一支1000人規(guī)模的專任教師隊伍，規(guī)劃選聘500位常任教授和500位特聘教授。其中，常任教授主要來源于國際著名大學的知名學者和優(yōu)秀青年學者，實行常任教授制（Tenure System）；特聘教授主要來源于中科院上海分院研究院所的優(yōu)秀科學家以及中國國內(nèi)外著名教授。
截至2015年12月底，學校已選聘380位專任教師（90位常任教授，290位特聘教授），其中包括3位諾貝爾獎獲得者、4位美國國家科學院院士、1位英國皇家學會會士、26位中國科學院院士、3位中國工程院院士、95位國家杰出青年科學基金獲得者以及72位國家/外專/青年/上?！扒擞媱潯比瞬?。
諾貝爾獎獲得者：羅杰·科恩伯格、詹姆斯·羅斯曼、庫爾特·維特里希
美國國家科學院院士：庫爾特·維特里希、蒲慕明、詹姆斯·羅斯曼、Richard A. Lerner 據(jù)2016年3月學校官網(wǎng)信息顯示，上科大以理工科為主，設(shè)立物質(zhì)科學與技術(shù)學院、生命科學與技術(shù)學院、信息科學與技術(shù)學院和創(chuàng)業(yè)與管理學院等四個學院，實行大學院制，學院下不設(shè)系。學院、書院分工協(xié)作培養(yǎng)人才，其中學院側(cè)重于專業(yè)能力的培養(yǎng)，書院側(cè)重于綜合素質(zhì)培養(yǎng)和人格養(yǎng)成。 研究生培養(yǎng) 1.學科專業(yè)
截至2014年10月，學校依托中科院25個相關(guān)院所（單位）開展學生培養(yǎng)。25個合作院所共有19 個一級學科，58個二級學科。11個一級學科博士學位授權(quán)點、12個碩士學位授權(quán)點和20個博士后科研流動站，以及13個國家重點實驗室和28個中科院重點實驗室，涵蓋了物質(zhì)、信息、生命等大部分學科領(lǐng)域。學校將在此基礎(chǔ)上，依托物理、化學、材料、環(huán)境等一級學科，發(fā)展新材料的研制、開發(fā)與利用，能源開發(fā)與利用，環(huán)境監(jiān)測與保護等學科方向；依托生物學一級學科發(fā)展蛋白質(zhì)科學與生物技術(shù)、系統(tǒng)生物學與轉(zhuǎn)化醫(yī)學、干細胞生物學與再生醫(yī)學、定量生物學與分子影像學、化學生物學與創(chuàng)新藥物等學科方向；依托信息、電子、計算機等一級學科發(fā)展集成電路和計算機架構(gòu)，通信、信號與信息系統(tǒng)，未來數(shù)據(jù)技術(shù)和智慧系統(tǒng)，下一代計算科學和技術(shù)，跨學科交叉研究等學科方向。 依托中科院上海分院研究生招生和培養(yǎng)學科專業(yè)（據(jù)2015年1月學校官網(wǎng)信息顯示）一級學科名稱一級學科授權(quán)情況專業(yè)名稱專業(yè)授權(quán)情況物理學博士點粒子物理與原子核物理博士點凝聚態(tài)物理博士點光學博士點化學博士點有機化學博士點物理化學（含：化學物理）博士點高分子化學與物理博士點分析化學博士點材料科學與工程博士點材料物理與化學博士點材料學博士點電路與系統(tǒng)博士點微電子學與固體電子學博士點天文學博士點天體物理博士點天文技術(shù)與方法博士點光學工程博士點光學工程博士點核科學與技術(shù)博士點核技術(shù)及應(yīng)用博士點核能科學與工程博士點化學工程與技術(shù)博士點化學工程博士點動力工程及工程熱物理無制冷及低溫工程碩士點測繪科學與技術(shù)無攝影測量與遙感碩士點電子科學與技術(shù)博士點微電子學與固體電子學博士點物理電子學博士點電路與系統(tǒng)博士點信息與通信工程博士點通信與信息系統(tǒng)博士點信號與信息處理博士點生物學博士點微生物學博士點神經(jīng)生物學博士點遺傳學博士點發(fā)育生物學博士點細胞生物學博士點生物化學與分子生物學博士點生物信息學博士點計算生物學博士點藥學博士點藥物化學博士點藥理學博士點藥物設(shè)計學博士點生物醫(yī)學工程碩士點 2.培養(yǎng)模式
該校在研究生培養(yǎng)階段主要培養(yǎng)學術(shù)型博士和應(yīng)用型碩士。實行本碩博課程貫通制和學分制，采取責任導師和導師指導小組制度，責任導師全面負責研究生的全過程培養(yǎng)，包括指導學生選課、開題、論文研究、中期、答辯等；實行實驗室輪轉(zhuǎn)10制度，以擴大研究生對學科、導師、課題的選擇權(quán)；學校利用中科院上海分院國家重點實驗室、大科學裝置的資源，支持研究生參與重大科研項目；同時學校也根據(jù)與中國國內(nèi)外知名企業(yè)的合作協(xié)議，為研究生提供參與高新技術(shù)研發(fā)的機會。
3.課程建設(shè)
2013-2014 學年，全校開設(shè)研究生公共課、專業(yè)課共計102門。
對“研究生思想政治課”，實行模塊化教學和課程融合的方式，將課堂講授、專題講座、經(jīng)典著作選讀和討論、社會實踐和報告相結(jié)合。
對英語課程，采取通過制、分階小班化教學，結(jié)合外教、討論課等模式，重點開設(shè)科技英語寫作，還開設(shè)了多門英語高階和二外課程供學生選擇。
此外學校還開設(shè)“學術(shù)報告”、“創(chuàng)新與創(chuàng)業(yè)基礎(chǔ)”等公共特色課程?！皩W術(shù)報告”主要邀請國際知名學者，包括諾貝爾獎得主、院士等開設(shè)，同時增加報告評論作業(yè)?！皠?chuàng)新與創(chuàng)業(yè)基礎(chǔ)”通過報告講座、案例討論、師生互動、角色模擬等方式來培養(yǎng)學生的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)思維和能力。
專業(yè)課程主要根據(jù)不同學科的特點和要求，參照國際認證標準，設(shè)置“專業(yè)必修課”、“專業(yè)主修課程群”和“專業(yè)選修課程群”等，80 余門專業(yè)課程由學校聘任的教授（包括國家和地方“千人”、國家“杰青”，中科院“百人”等）開設(shè)。大多使用國際流行的英文原版教材和參考書，部分課程采用全英文教學。加州大學伯克利分校還專門為該校開放該校工程學院的在線課程供學生選擇，并對每門課程接受該校委派的青年教師進行 1-2 學期的進修。
4.創(chuàng)新實踐
4.1美國博通實習生項目
學生參與了基于物聯(lián)網(wǎng)的可穿戴移動產(chǎn)品的設(shè)計、開發(fā)以及測試工作。學生參與研發(fā)的 Smart Ring 在嘉定物聯(lián)網(wǎng)展會上亮相。
4.2 巴斯夫夏令營
該校多名研究生參加了于今年暑期舉辦的巴斯夫夏令營，包括工廠和實驗室參觀、員工交流等，面對來自汽車、建筑、食品、新能源等行業(yè)的未來挑戰(zhàn)，給出的創(chuàng)新性的解決方案。 本科生培養(yǎng) 學校實行本科生導師制，為每位本科生配備導師，在學業(yè)、生活、職業(yè)等多方面為學生提供全方位的指導。學校注重社會創(chuàng)新實踐、科研創(chuàng)新實踐及產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新實踐，2015年開展了首次本科生暑期社會實踐活動，實踐地點遍布全國8省/自治區(qū)。 本科專業(yè)設(shè)置（據(jù)2015年1月學校官網(wǎng)信息顯示） 培養(yǎng)單位專業(yè)名稱專業(yè)類名稱門類名稱修業(yè)年限批準日期生命科學與技術(shù)學院生物科學生物科學類理學四年2014年3月13日物質(zhì)科學與技術(shù)學院化學化學類理學四年2014年3月13日材料科學與工程材料類工學四年2014年申請新增物理學物理學類理學四年2014年申請新增信息科學與技術(shù)學院電子信息工程電子信息類工學四年2014年3月13日計算機科學與技術(shù)計算機類工學四年2014年申請新增 截至2014年10月，上海科技大學與多所國際大學在教師培養(yǎng)、課程共享、雙學位和學生交換、學術(shù)交流、合作科研等方面開展全方位務(wù)實合作。與此同時，學校已與博通公司（全球最大無晶圓廠半導體公司之一）達成協(xié)議合作開展“無線城市”項目，安進公司（全球最大抗體藥物公司之一）已在校園內(nèi)建立安進亞洲研發(fā)中心。與博通公司（全球最大無晶圓廠半導體公司之一）達成協(xié)議合作開展“無線城市”項目，并成立物聯(lián)網(wǎng)聯(lián)合創(chuàng)新中心。 交流項目 上?？萍即髮W已經(jīng)與加州大學伯克利分校、芝加哥大學簽訂了框架合作協(xié)議。首批32名本科生已于2015年暑期赴加州伯克利、芝大進行課程學習和文化交流;與南加州大學電影學院合作開辦的首期電影編劇培訓班獲得成功。
與加州大學伯克利分校開展教育、文化及科研合作。加州大學伯克利校區(qū)工學院電氣工程與計算機科學系與上?？萍即髮W共享部分核心課程的教學資源、相關(guān)材料和在線課件。
與芝加哥大學在科研、學術(shù)、文化教育等方面展開全面合作，包括交流與互訪、聯(lián)合開展科研項目合作、共同參與學術(shù)會議和活動等。在科研方面，將與芝加哥大學計算研究所、保爾斯基創(chuàng)業(yè)和創(chuàng)新中心探索和發(fā)展學術(shù)科研項目。
與德雷塞爾大學將在教育、科研領(lǐng)域開展交流與合作。與加州理工學院、斯坦福大學、耶魯大學、加州大學舊金山分校、南加州大學、布朗大學、牛津大學等院校的全方位合作框架也正在對接中。 資助項目 桑坦德銀行項目
桑坦德銀行為該校本科生和研究生提供海外學習交流的機會和一定的資金資助。所有在冊學生可依托此資助項目，申請桑坦德大學網(wǎng)絡(luò)成員學校，包括美國麻省理工、耶魯大學、芝加哥大學、加州大學伯克利分校、布朗大學、英國牛津大學等。 國際會議及學術(shù)講座 2013-2014 學年，上?？萍即髮W成功舉辦了多場國際性學術(shù)論壇，如第一屆上海 GPCR 論壇、2013 新藥研發(fā)協(xié)同合作前沿論壇等。還邀請到諾貝爾化學獎獲得者庫爾特·維特里希（Kurt Wuthrich），世界知名學者、英國石油集團（BritishPetroleum， BP） 首席經(jīng)濟學家克里斯托弗魯爾（Christof Rühl）博士等世界知名專家來校開展了學術(shù)講座。
學校還成功舉辦了多期 Shanghaitech Inno-Forum，邀請到了免疫化學研究所特聘教授、2006 年諾貝爾化學獎獲得者 Roger D. Kornberg， iHuman 研究所特聘教授、2002 年諾貝爾化學獎得主 Kurt Wüthrich 博士，在細胞內(nèi)囊泡運輸分子機制領(lǐng)域取得“教科書”級科研發(fā)現(xiàn)的著名科學家、2013 年諾貝爾生理學或醫(yī)學獎得主、上科大特聘教授 James E. Rothman，在商業(yè)航天、新能源汽車、可再19生能源、電子商務(wù)等領(lǐng)域引領(lǐng)產(chǎn)業(yè)變革的高科技創(chuàng)業(yè)奇才、特斯拉汽車公司（Tesla Motors）及太空探索技術(shù)公司（SpaceX）首席執(zhí)行官 Elon Musk，以及破譯孿生素數(shù)猜想的華人數(shù)學家張益唐教授做客 Shanghaitech Inno-Forum。