專業(yè)型和學(xué)術(shù)型研究生的培養(yǎng)方向、學(xué)習(xí)內(nèi)容、學(xué)習(xí)費(fèi)用和導(dǎo)師制度都有不同。學(xué)碩的課程設(shè)置側(cè)重于加強(qiáng)基礎(chǔ)理論的學(xué)習(xí)，重點(diǎn)培養(yǎng)學(xué)生從事科學(xué)研究創(chuàng)新工作的能力和素質(zhì)。專業(yè)學(xué)位課程設(shè)置以實(shí)際應(yīng)用為導(dǎo)向，以職業(yè)需求為目標(biāo)。教學(xué)內(nèi)容強(qiáng)調(diào)理論性與應(yīng)用性課程的有機(jī)結(jié)合，突出案例分析和實(shí)踐研究。
學(xué)術(shù)型研究生主要是培養(yǎng)學(xué)術(shù)研究人才，主要重視做理論與科學(xué)研究；而專碩培養(yǎng)在某一專業(yè)(或職業(yè))領(lǐng)域具有堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)理論和寬廣的專業(yè)知識，具有較強(qiáng)的解決實(shí)際問題的能力，具有良好職業(yè)素養(yǎng)的高層次應(yīng)用型專門人才。總體來說，學(xué)碩重理論，專碩重實(shí)踐，主要適用于企業(yè)型人才。
學(xué)術(shù)型碩士研究生的收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)為8000元/學(xué)年，不同專業(yè)有所不同。專業(yè)碩士學(xué)費(fèi)按照不同專業(yè)類別差別較大。有的學(xué)校每年2萬，有的學(xué)校每年十幾萬，不同的專業(yè)學(xué)費(fèi)有所不同。但是總體來看專碩的學(xué)費(fèi)要比學(xué)碩的貴。
學(xué)碩一般只有一個(gè)導(dǎo)師，專碩會實(shí)行雙師制。專碩在校內(nèi)的一個(gè)老師是指導(dǎo)學(xué)生的理論，在校外實(shí)習(xí)期間還有一個(gè)導(dǎo)師指導(dǎo)實(shí)踐。