菲律賓移民除了現在理解的含義，即從一個國家到另一個國家，還包括菲律賓祖先如何來到這里繁衍生息。在遠古的冰河時期，菲律賓群島與歐亞大陸之間有“路橋”相連。距今2.5萬年前，在菲律賓群島上就有了人類活動。
公元前300--前200年，第一批的馬來人遷往菲律賓群島。
第二批馬來人的移民潮出現在公元后的幾個世紀里，他們主要來自印度化的馬來半島和蘇門答臘島，并在菲律賓群島上成立了奴隸制國家。他們乘坐的船叫做“巴郎蓋”，上島后的的村落也叫做了“巴郎蓋”，一般有30--100戶居民。他們的首領稱為達圖(或者羅阇)。在公元10世紀時，民都洛島上有一個麻逸國。公元12世紀，在班乃島上出現了最早的巴郎蓋聯盟--“馬迪亞斯”。
第三批的馬來人移民出現于公元14--15世紀時，是從已經伊斯蘭化的馬來半島和蘇門答臘島遷移而來。他們在蘇祿島、棉蘭老島及呂宋島上建立若干個伊斯蘭蘇丹國，實行政教合一的政策，屬于早期的封建制國家。
公元13世紀時，來自蘇門答臘島的米南加保人遷到蘇祿島上，并于1390年建立了蘇祿蘇丹國。在中國明朝的永樂十五年(即公元1417年)，蘇祿國王到中國北京朝貢，回國的路上，他病死在了山東德州，明王朝敕建蘇祿王墓。 1450年，阿拉伯商人賽義德·艾布伯克爾在菲律賓群島上建立強大的伊斯蘭政權，伊斯蘭勢力延伸到巴西蘭島、巴拉望島、三寶顏的南部海岸地區以及婆羅洲、棉蘭老島等地
在16世紀的歐洲人來到菲律賓群島之前，這里是伊斯蘭的世界。
公元1521年，葡萄牙航海家費迪南·麥哲倫受西班牙皇帝之命，進行環球探險。當他來到菲律賓的薩馬島，參與了當地的部落斗爭，被當地首領拉普拉普殺死。 公元1543年，西班牙的航海家R.洛佩斯·德·維拉洛博斯，以西班牙皇儲菲力浦之名命名菲律賓群島。
公元1565年，西班牙帝國派遣黎牙實比率軍占領了宿務島。 公元1571年，西班牙人占領馬尼拉，并把殖民政權的中心設在此地。 西班牙的駐菲律賓總督獨攬行政、司法和軍事大權，通過推行賜封制度，籠絡土著上層份子，對當地人橫征暴斂。天主教會則占據著大量的肥沃土地，把持著教育文化事業，成為西班牙殖民統治的支柱。
在經濟上，殖民者實行閉鎖和壟斷政策，簽訂馬尼拉--阿卡普爾科貿易協定，使菲律賓成為西班牙-墨西哥殖民地下屬的原材料供應市場。
16--18世紀，菲律賓人不斷發動起義，多達數十起反殖民統治的起義遍及全島各地。其中，達俄輝起義持續的時間最長。
公元1834年，西班牙殖民政府宣布馬尼拉成為自由港。
隨著資產階級自由主義思想的廣泛傳播，菲律賓人的民族意識也在逐步加強。由菲律賓教士發起的天主教會菲化運動，要求當地教會進行改革。菲律賓的國父何塞·黎剎博士組織了著名的宣傳運動，極大的鼓舞了菲律賓人的民族意識。 公元1892年，菲律賓的資產階級革命家博尼法西奧組織了名為“卡蒂普南”的秘密革命組織，策劃革命和武裝斗爭。
公元1896年8月24日，博尼法西奧在巴林塔瓦召開大會，宣布了武裝起義。 公元1897年，以阿奎納多為首的資產階級右翼集團排擠博尼法西奧，奪取了菲律賓革命的領導權。公元1897年12月，起義者和西班牙殖民政府簽訂“破石洞協議”，阿奎納多同意放下武器，出走香港。
公元1898年4月，美西戰爭爆發。5月，阿奎納多搭乘美軍艦返抵菲律賓，繼續領導菲律賓的革命。6月，起義者宣告了菲律賓獨立宣言。9月，起義軍召開革命議會，通過了憲法。
公元1899年1月23日，菲律賓共和國宣告成立，史稱第一共和國。2月，由于西班牙在美西戰爭中戰敗，并把菲律賓群島割讓給美國，于是美國發動侵菲戰爭。歷時三年之久的菲美戰爭爆發。(一說是1899年至1906年菲美戰爭)。 公元1901年，阿奎納多被美軍俘虜，宣布投降，菲律賓陷入美國的殖民統治。了解了菲律賓歷史對菲律賓移民理解的會更深。
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